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種子的選擇：要根據生長季節、栽培方式、市場需求選擇合適的番茄品種。優良的番茄品種應具有抗病、豐產、優質等特點。同時還要檢查種子的成熟度、飽滿度、機械損傷度、發芽率及發芽勢等項指標。合格的番茄種子其種子凈度應高于98%，種子色澤純正、無霉變，純度高于95%，發芽率高于88%，水分含量低于8%，為此選購種子應到信譽較高的科研單位或種子部門購種，嚴防購得假冒劣種子造成經濟損失。

種子千粒重是種子飽滿度的主要標志，若千粒重低于下限數字則不宜在生產上使用。一般大果型番茄種子的千粒重在3.2克左右。 種子千粒重需要用到電子自動數粒儀簡稱為數粒儀，它有多種不同的型號，測量中小粒子以及大粒子的儀器不同，當然也有可以測定所有種子的儀器，這些儀器實用性很強，SLY-C電子自動數粒儀。

為了提高番茄種子在生產利用的年限，應在種子貯藏過程中，盡量創造良好的條件，延長種子壽命。種子貯藏時，要使種子充分干燥，貯藏庫的空氣相對濕度盡量降低，溫度一般在5℃以下。一般番茄種子的壽命3～6年，在生產上利用年限2～3年。