我們在使用種子凈度檢驗臺分析種子凈度的過程中，最關鍵的并不是檢測種子的發芽力、活力及完整性等質量情況，而是通過分析了解種子所屬種類，也就是說要考慮當前觀察的種子類型是屬于凈種子、其他植物種子還是雜質，因為這些都是決定種子發芽的因素。其中凈種子和其他植物種子都有比較明顯的特征，區分起來比較容易，但雜質相對就沒那么明顯了，通常雜質區分可按照以下標準進行：

    ①脫下的不育小花、空的穎片、內外稃、稃殼、莖葉、秸稈、球果、鱗片、果翅、樹皮碎片、花、線蟲癭、真菌體（如麥角、菌核、黑穗病孢子團）、泥土、砂粒、石礫及所有其他非種子物質（如：害蟲、蟲糞）。
    ②明顯不含真種子的種子單位。
    ③種皮完全脫落的豆科、十字花科的種子。
    ④破裂或受損傷種子單位的碎片為原來大小的一半或不及一半的（如：變色、腐爛、壓扁、壓碎的種子）。
    ⑤脆而易碎、呈灰白色、乳白色的菟絲子種子。
    當然，為了更好的區分雜質，我們還得借助種子凈度檢驗臺，根據儀器的光學透射、反射及放大原理有效區分出凈種子、其他種子和雜質，從而提高種子的凈度，而且種子凈度分析后的樣品多是用于測定種子的生活力、發芽率、純度、重量等，因此種子凈度分析結果將會影響后續測定項目的準確性，要想為農業生產提供優質而安全的種子，就需要利用種子凈度檢驗臺做好種子的凈度分析工作。